Δεν παντρεύτηκε ποτέ, παρ’ όλο που το 1973 απέκτησε μια κόρη με τον επιχειρηματία Γιώργο Τσαγκάρη, την Ίνκα – Μαρία. Τα τελευταία χρόνια μαζί με τον επί 29 χρόνια σύντροφο της ζωής της, βετεράνο ποδοσφαιριστή του Ολυμπιακού Τάσο Μητρόπουλο, κατοικούσαν στην Εύβοια και δήλωνε ότι ήταν αγρότισσα και ασχολιόταν με την παραγωγή κρασιού.
Το πολυαγαπημένο άλογο της μητέρας μου, ο Καλλίστρατος, πέθανε μία βδομάδα μετά το θάνατο της μητέρας μου (σ.σ. από την επάρατη νόσο).
Την ημέρα δε που “έφυγε” η Έλενα, το άλογο έσπασε την πόρτα του στάβλου. Είχε καταλάβει τη μεγάλη απώλεια». Αυτό δήλωσε η κόρη της Έλενας Ναθαναήλ στην εφημερίδα News.
Προσθέτοντας πως «Κανείς δεν θα μπορούσε να πιστέψει αυτό που συνέβη, όμως ο επιστάτης που βρισκόταν εκεί μπορεί να το επιβεβαιώσει.
Κατά τη διάρκεια της ημέρας που άφησε την τελευταία της πνοή η μητέρα μου, το άλογο που είχε σαν παιδί της, ο Καλλίστρατος, έκανε σαν τρελό.
Χλιμίντριζε δυνατά και χτυπούσε τα πισινά πόδια του στην πόρτα του στάβλου.
Όπως μας είπε ο επιστάτης έκανε σαν τρελό. Ήταν η πρώτη φορά που το είδε έτσι».
Το συγκεκριμένο άλογο το είχε πάρει η Έλενα Ναθαναήλ από τον ιππόδρομο, καθώς πάντα ήθελε το κτήμα της να το έχει σαν φάρμα.
Ο Καλλίστρατος είχε καρκίνο στους λεμφαδένες και θα το σκότωναν, όμως εκείνη το έκανε να ζήσει ακριβώς 25 χρόνια.
Ο θλιβερός επίλογος σε αυτή την ιστορία γράφτηκε μια εβδομάδα μετά τον θάνατο της διάσημης ηθοποιού, με την κόρη της -όπως επισημαίνει το δημοσίευμα του gossip tv- να δηλώνει «Το άλογο άντεξε μόλις μία εβδομάδα μετά το θάνατό της… κι ύστερα “έφυγε” κι αυτό.
Ήταν τόσο θλιβερό το θέαμα του θανάτου του, που έζησα για μια ακόμα φορά το θάνατο της μάνας μου. Τόσο τραγική κατάληξη».
Η Έλενα Ναθαναήλ χτυπημένη από καρκίνο του πνεύμονα απεβίωσε στις 4 Μαρτίου του 2008 το απόγευμα, ενώ η κηδεία της έγινε το μεσημέρι της 5ης Μαρτίου του 2008 στο νεκροταφείο της Νέας Φιλαδελφείας στον Κόκκινο Μύλο.
